Au niveau national
Le CRSN entretient un partenariat scientifique et technique avec tous les instituts de recherche en santé et les universités dont:
- Programme National de Lutte contre le Paludisme (PNLP),
- Institut Supérieur des Sciences de la Population (ISSP) (ex-UERD),
- Centre National de Recherche et de Formation sur le Paludisme (CNRFP),
- Centre Muraz (CM)
- Groupe de Recherche Action en Santé (GRAS)
- Centre National de la Recherche Scientifique et Technologique (CNRST)
- Institut de Recherche pour le Développement (IRD)- Burkina Faso,
- Institut National de la Statistique et de la Démographie (INSD),
- UFR-SDS /Université Joseph Ki- Zerbo,
- Unité de Recherche Clinique de Nanoro (URCN),
- Projet Target Malaria (IRSS/Bobo)